Kemitraan bagi Pembaruan Tata Pemerintahan, atau Kemitraan, didirikan pada tahun 2000 setelah pemilihan umum yang bebas dan adil pertama di Indonesia selama dua generasi pada tahun 1999. Pemilu bersejarah ini merupakan sebuah langkah penting menuju bergerak Indonesia melampaui masa otoriter dan menuju masa depan yang demokratis. Kemitraan didirikan sebagai dana perwalian multi donor dan dikelola oleh United Nations Development Programme (UNDP). Kemitraan didirikan dan dipimpin oleh sejumlah pemimpin terkemuka Indonesia dari pemerintah, masyarakat sipil dan sektor swasta untuk mempromosikan prinsip-prinsip tata kelola yang baik.

Pada tahun 2003 Kemitraan menjadi badan hukum independen, yang terdaftar sebagai asosiasi hukum sipil non-profit. Pada saat ini bersamaan tetap program UNDP berhasil sampai akhir 2009. Sejak awal tahun 2010 Kemitraan telah mengambil tanggung jawab fidusia penuh dan akuntabilitas program dan perkembangan.